Elle bénéficie donc d’un climat équatorial relativement chaud et humide, constant dans tout l’archipel et développant ainsi une végétation tropicale luxuriante, qui peut détonner avec un littoral parfois un peu plus aride. Les influences maritimes jouent un rôle essentiel dans le déroulement des deux moussons, la sèche et l’humide. Le pays est parsemé de volcans, de rivières, de lacs.
Un ensemble souvent perturbé par des catastrophes naturelles, séismes, tsunami, éruption, de par sa position exceptionnelle Toute l’Indonésie rencontre donc une saison humide d’octobre à avril tandis que la saison sèche concerne les mois de mai à septembre.
Le thermomètre affiche une température entre 22 et 29°. Toutefois, les zones situées aux abords de ses plus hauts sommets baissent considérablement affichant parfois bien moins de 20°. Ce sont ces régions qui permettent à tout le pays de conserver son humidité quasi permanente.
Il peut y tomber jusqu’à 6100 millimètres annuels alors que dans les plaines la moyenne tourne plutôt entre 1780 et 3500 millimètres. L’Indonésie se caractérise en effet par un taux d’humidité qui avoisine les 75 %, toute l’année, avec des précipitations très conséquentes de janvier à février, pouvant d’ailleurs occasionner quelques crues ou écoulements de boues dans les zones inondables.
La saison touristique s’échelonne ainsi selon les saisons, puisqu’il fait assez beau toute l’année avec une prédominance pour les mois secs, excepté à Bali qui peut battre des records de fréquentation en janvier. Java et l’Ile de la Sonde connaissent aussi des variations climatiques plus marquées. La pluviométrie ambiante donne une fertilité considérable aux sols. Malgré les quantités de pluie qui tombent chaque année, le climat parait assez clément, car elles se déroulent la plupart du temps durant la nuit, sous la forme de très grosses averses qui ne durent jamais plus que deux heures.
Le pays ne rencontre pas de gros mois de mousson comme cela peut être le cas dans d’autres régions comme le Vietnam ou l’Inde. Ce sont les provinces les plus proches de l’équateur qui subissent les plus fortes pluies, Sumatra, Bornéo, les Moluques et le nord des Célèbes. L’ensemble reste donc assez clément excepté lorsque la terre gronde et que les éléments naturels se déchainent.
